Возврат излишне удержанного НДФЛ производится налоговым агентом по письменному заявлению налогоплательщика в порядке, установленном п.1 ст.231 НК РФ. Общая сумма налога, возвращенная налоговым агентом, отражается по стр. 090 раздела 1 формы 6-НДФЛ нарастающим итогом с начала года. Раздел 2 по данной операции не заполняется.
ФНС рассмотрела ситуацию, когда в январе 2020 года производится возврат налога, излишне удержанного в 2019 году. В этом случае возвращенная сумма НДФЛ отражается в стр.090. раздела 1 формы 6-НДФЛ за 1 квартал. При этом поскольку в прошлом году налог был исчислен неверно, за прошлый год надо сдать уточненный расчет. В нем корректируется только раздел 1. Полагаем, по стр. 040 указывается правильно исчисленный НДФЛ (после пересчета), а по строке 070 - фактически удержанный, тогда налоговики увидят излишне удержанный налог. Раздел 2 корректировать не нужно.
Письмо ФНС России от 02.10.2019 N БС-4-11/20039